Repository Universitas Pakuan

Detail Karya Ilmiah Dosen

Ramdan Satra, Muhammad Fuad, Heldi Hestriyandi, Mohamad Iqbal Suriansyah, Muhammad Iqbal

Judul : Analisis Performa Algoritma Needleman-Wunsch (NW) Sekuensial Pada Raspberry Pi

Abstrak :
Abstrak - Algoritma Needleman-Wunsch (NW) merupakan metode untuk menjajarkan DNA. Penjajaran DNA merupakan hal yang sangat penting untuk penelitian di bidang Biologi, diantara penamfaatan penjajaran DNA adalah untuk melihat kemiripan sifat-sifat sepasang makhluk hidup. Algoritma NW menggunakan pendekatan Dynamic Programming yang
memiliki kompleksitas waktu komputasi (n2). Pengujian performa komputasi algoritma ini telah banyak dilakukan pada mesin PC (Personal Computer) dan belum ada yang melakukan untuk mesin Raspberry Pi. Penelitian ini memperlihatkan kemampuan Raspberry Pi dengan spesifikasi prosesor ARM dan memory RAM 512 MB telah berhasil
memproses penjajaran dua pasang DNA dengan panjang 11500 bp.

Keywords: Needleman-Wunsch, Dynamic Programming, komputasi, DNA.

Tahun : 2015 Media Publikasi : Seminar Nasional

Kategori : Prosiding No/Vol/Tahun : 1 / 1 / 2015

ISSN/ISBN : 2443-048X

PTN/S : Universitas Pakuan Program Studi : ILMU KOMPUTER

Bibliography :
DAFTAR PUSTAKA
[1] Manoharan A, Kanagavel B, Muthuchidambaram A, Kumaravel JPS. 2011. Bioinformatics Research – an Informetric View. International Conference on Information Communication and Management IPCSIT.16 (2011). IACSIT Press,
Singapore.
[2] Junior SAC. 2003. Sequence Alignment Algorithms. Department of Computer Science School of Physical Sciences &
Engineering Kingís College London.
[3] Huang KF, Yang CB, Tseng KT. 2002. An Efficient Algorithm For Multiple Sequence Alignment. Proc. of the 19th Workshop on Combinatorial Mathematics and Computation Theory.
[4] Global alignment of two sequences- NeedlemanWunsch Algorithm 2013, [internet]. [diunduh 2013 Oktober 12]. Tersedia pada http://amrita.vlab.co.in/?sub=3&brch=274 &sim= 1431& cnt=1.
[5] Charter K, Schaeer J, Szafron D. 2000. Sequence Alignment using FastLSA. The Department of Computing Science at the University of Alberta Canada.
[6] Khajeh-Saeed A, Poole S, Perot JB. 2010. Acceleration of the Smith–Waterman algorithm using single and multiple graphics processors. Journal of Computational Physics. 229 (2010) 4247–4258. doi:10.1016/j.jcp.2010.02.009.
[7] Siriwardena TRP, Ranasinghe DN. 2010. Global Sequence Alignment using CUDA compatible multi-core GPU. IEEE Journal. Page 201 – 206. ISBN 978-1-4244-8549-9. doi : 10.1109/ICIAFS.2010.5715660.
[8] http://www.raspberrypi.org/ akses 9 Desember 2013.
[9] Ali, Murat. et al. 2013. Technical Development and Socioeconomic implications of the Raspberry Pi as a Learning Tool in Developing countries. 5th Computer Science and Electronic Engineering Comference (CEEC). Hal 103-108. Proceedings Of The IEEE, 2013.

URL :

Document

back

@official_unpak	@unpak
@unpak	UNPAK TV

Welcome Repository Universitas Pakuan

Student's Achievments

Unggul, Mandiri & Berkarakter

Detail Karya Ilmiah Dosen

Ramdan Satra, Muhammad Fuad, Heldi Hestriyandi, Mohamad Iqbal Suriansyah, Muhammad Iqbal

Judul	:	Analisis Performa Algoritma Needleman-Wunsch (NW) Sekuensial Pada Raspberry Pi
Abstrak	:	Abstrak - Algoritma Needleman-Wunsch (NW) merupakan metode untuk menjajarkan DNA. Penjajaran DNA merupakan hal yang sangat penting untuk penelitian di bidang Biologi, diantara penamfaatan penjajaran DNA adalah untuk melihat kemiripan sifat-sifat sepasang makhluk hidup. Algoritma NW menggunakan pendekatan Dynamic Programming yang memiliki kompleksitas waktu komputasi (n2). Pengujian performa komputasi algoritma ini telah banyak dilakukan pada mesin PC (Personal Computer) dan belum ada yang melakukan untuk mesin Raspberry Pi. Penelitian ini memperlihatkan kemampuan Raspberry Pi dengan spesifikasi prosesor ARM dan memory RAM 512 MB telah berhasil memproses penjajaran dua pasang DNA dengan panjang 11500 bp. Keywords: Needleman-Wunsch, Dynamic Programming, komputasi, DNA.
Tahun	:	2015	Media Publikasi	:	Seminar Nasional
Kategori	:	Prosiding	No/Vol/Tahun	:	1 / 1 / 2015
ISSN/ISBN	:	2443-048X
PTN/S	:	Universitas Pakuan	Program Studi	:	ILMU KOMPUTER
Bibliography	:	DAFTAR PUSTAKA [1] Manoharan A, Kanagavel B, Muthuchidambaram A, Kumaravel JPS. 2011. Bioinformatics Research – an Informetric View. International Conference on Information Communication and Management IPCSIT.16 (2011). IACSIT Press, Singapore. [2] Junior SAC. 2003. Sequence Alignment Algorithms. Department of Computer Science School of Physical Sciences & Engineering Kingís College London. [3] Huang KF, Yang CB, Tseng KT. 2002. An Efficient Algorithm For Multiple Sequence Alignment. Proc. of the 19th Workshop on Combinatorial Mathematics and Computation Theory. [4] Global alignment of two sequences- NeedlemanWunsch Algorithm 2013, [internet]. [diunduh 2013 Oktober 12]. Tersedia pada http://amrita.vlab.co.in/?sub=3&brch=274 &sim= 1431& cnt=1. [5] Charter K, Schaeer J, Szafron D. 2000. Sequence Alignment using FastLSA. The Department of Computing Science at the University of Alberta Canada. [6] Khajeh-Saeed A, Poole S, Perot JB. 2010. Acceleration of the Smith–Waterman algorithm using single and multiple graphics processors. Journal of Computational Physics. 229 (2010) 4247–4258. doi:10.1016/j.jcp.2010.02.009. [7] Siriwardena TRP, Ranasinghe DN. 2010. Global Sequence Alignment using CUDA compatible multi-core GPU. IEEE Journal. Page 201 – 206. ISBN 978-1-4244-8549-9. doi : 10.1109/ICIAFS.2010.5715660. [8] http://www.raspberrypi.org/ akses 9 Desember 2013. [9] Ali, Murat. et al. 2013. Technical Development and Socioeconomic implications of the Raspberry Pi as a Learning Tool in Developing countries. 5th Computer Science and Electronic Engineering Comference (CEEC). Hal 103-108. Proceedings Of The IEEE, 2013.
URL	: