Wahyu Prihatini, Siwi Saputri, Rouland Ibnu Darda

Judul	:	Identifikasi Spesies Katak Hylarana sp. dari Pulau Bangka Menggunakan Penanda Gen 16s rRNA
Abstrak	:	ABSTRAK Katak Hylarana chalconota tersebar luas di Indonesia, populasinya melimpah, dan memiliki keragaman morfologi tinggi, yang sering menimbulkan kerancuan klasifikasinya.   H. chalconota merupakan suatu cryptic species, yaitu dua atau lebih spesies berbeda yang diklasifikasikan sebagai spesies tunggal karena kemiripan  morfologinya.  Studi terdahulu  dengan  menggunakan  penanda  gen  16S  rRNA pada  DNA mitokondria  dan  karakter  morfologi,  memastikan  populasi  H.  chalconota  di  Indonesia  merupakan beberapa spesies berbeda. Populasi di Kalimantan adalah spesies H. megalonesa dan   H. raniceps, di Sulawesi yaitu H. mocquardii, di Sumatera adalah  H. parvaccola, dan H. rufipes, sedangkan populasi di Jawa adalah H. chalconota. Penelitian ini dilakukan untuk memastikan identitas spesimen katak Hylarana sp. dari Pulau Bangka, dengan menggunakan penanda gen 16S rRNA. Pengambilan sampel katak dari hutan Nyato dusun Payak, P. Bangka menggunakan metode Visual Encounter Survey, dan sumber DNA diambil dari otot paha. Analisis molekuler dilakukan melalui tahapan ekstraksi DNA dengan metode fenol-kloroform, uji kualitas DNA secara elektroforesis, uji kuantitas DNA dengan spektrofotometer, amplifikasi gen target secara PCR menggunakan primer F-16SRanaIII (GAGTTATTCAAATTAGGACAGC) dan R-16SRanaIII (ATAAGGGTGTTAGCCCATTTG), sekuensing gen target, dan rekonstruksi filogenetik dengan metode Neighbour Joining. Hasil PCR menunjukkan gen target berhasil teramplifikasi, dan disekuensing dengan ukuran 289 bp. Hasil analisis BLAST memastikan spesimen Hylarana sp. dari Pulau Bangka adalah spesies Hylarana chalconota, dan hasil  rekonstruksi  filogeni  menunjukkan  spesimen  berkerabat  dekat  dengan  Hylarana  chalconota populasi Jawa.   Kata kunci: Cryptic species, DNA mitokondria, filogenetik, Hylarana chalconota.   ABSTRACT Hylarana chalconota frogs is an cryptic species that have abundant, and widespread population in Indonesia. Cryptic species are two or more different species that classified as a single species due to their morphological   similarities.   High   morphological   variations   of   this   species   often   lead   to   false classification.  Previous  study  reported  that  H.  chalconota  in  Indonesia  consist  of  several  different species,  based  on the  16S rRNA  gene  of  mitochondrial  DNA.  The  Borneo population  were the  H. megalonesa and H. raniceps,  the Sulawesi population was H. mocquardii, the Sumatra population were H. parvaccola, and H. rufipes, while the Java population was H. chalconota. This investigation aimed to confirm the identity of Hylarana sp. specimen from Bangka Island, using the 16S rRNA gene. Frogs samples from Nyato forest Bangka island had taken using the Visual Encounter Survey method, and DNA source taken from femur muscles. The DNA extraction was use phenol-chloroform method, followed by DNA quality assay by electrophoresis, and DNA quantity assay by spectrophotometer. The amplification of 16S rRNA target gene was use the primer F-16SRanaIII (GAGTTATTCAAATTAGGACAGC) and R- 16SRanaIII (ATAAGGGTGTTAGCCCATTTG), followed by sequencing, and phylogeny reconstruction with Neighbour Joining method. The study results showed that the target gene successfully amplified, and had sequenced 289 bp size. The Hylarana sp. sample from Bangka Island was confirmed as Hylarana chalconota. The phylogeny  reconstruction stated that the speciment from Bangka Island had closer relationship with Hylarana chalconota from Java.   Key words: Cryptic species, Hylarana chalconota, mitochondrial DNA, phylogeny.
Tahun	:	2017	Media Publikasi	:	prosiding
Kategori	:	Prosiding	No/Vol/Tahun	:	1 / 1 / 2017
ISSN/ISBN	:	978-602-51854-0-3
PTN/S	:	Universitas Pakuan	Program Studi	:	BIOLOGI
Bibliography	:	DAFTAR PUSTAKA     Bultin,  R.K.,  J.R.  Bridle.,  D.  Schluter.  2009. Speciation and Patterns of Diversity. Chapter 1. Cambridge University Press. New York. 1-10. Hadiprata,  N.L.M.I.Y.S.,  I.M.B.A.P.A.  Putra., I.G.N.K. Mahardika., I.N. Wandita., T.S. Nindhia.  2015.  Identifikasi  Spesies  Ikan Kerapu  di  Pasar  Ikan  Karangasem  dan Kedonganan Bali Menggunakan DNA Mitokondria Gen 16s rRNA. Jurnal Veteriner 16(3):423-431. Hasan, M., M.M. Islam, M.M.R. Khan, T. Igawa, M.S. Alam, H.T. Djong, N. Kurniawan, H. Joshy, Y.H. Sen, D.M. Belabut, A. Kurabayashi,  M.  Kuramoto,  M.  Sumida. 2014. Genetic Divergences of South and South East Asian Frogs: A Case Study of Several  Taxa  Based  on  16S  Ribosomal RNA  Gene  Data  with  Notes  on  The Generic Name Fejervarya. Turk. J. Zool 38: 389-411. Hendra.,  N.W.Y.  Suryaningtyas.,  C.  Riyanto., A.F.   Heryanto.   2013.   Ekstraksi   DNA Collocalia   fuchiphaga   dengan   Metode Phenol     Chloroform     Extraction     dari Berbagai Material Sumber Genetik. http://artikel.dikti.go.id/ index.php/ PKM- P/article/download/41/41. Diakses tanggal 14 Mei 2016 pk 09:23 WIB. Inger,  R.F.,  B.L.  Stuart.,  D.T.  Iskandar.  2009. Systematics of A Widespread Southeast Asian Frog, Rana chalconota (Amphibia: Anura:  Ranidae).  Zoological  Journal  of the Linnean Society 155: 123–147. Irmawati. 2003. Perubahan Keragaman Genetik Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis) Generasi Pertama pada Stok Hatchery. Tesis. Institut Pertanian Bogor. 34-37. Kusrini, M.D. 2008. Pedoman dan Survei Amfibi di Alam. Institut Pertanian Bogor. 73-74.       Laporan Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintahan Bangka Belitung (Lakip Babel). 2013.http://www.babelprov.go.id/sites/def ault/files/dokumen/bank_data/05.%20BA B-01-Pendahuluan.doc.   Diakses   tanggal 12 Desember 2016 pukul 12:39 WIB. Marwayana,    O.N.    2015.    Ekstraksi    Asam Deoksiribonukleat   (DNA)   dari   Sampel Jaringan Otot. Jurnal Oseana 11(2): 1-9. Mazuni. D.A. Adi., S. Syarif. 2014. Karakterisasi Fragmen  gen  18S  rRNA  Pokea  (Batissa violacea celebensis Martens, 1897) di Sungai Pohara Kecamatan Sampara Kabupaten Konawe. Biowallacea 1(1):25- 38. National Center for Biotechnology Information. 2017. https://blast.ncbi.nlm.nih.gov./ Blast.cgi. Diakses tanggal 12 Mei 2017 pk 14.50 WIB. Richard, C. A. A. 2013. Evolution of Breeding Mode In Bornean Frogs. Thesis. Department    of    Zoology    Faculty    of Resource     Science     and     Technology University Malaysia Sarawak.  5-7. Rinanda,  T.  2011.  Analisis  Sekuensing  16S rRNA   di   Bidang   Mikrobiologi.   Jurnal Kedokteran Syiah Kuala 11 (3) : 172-177. Sianturi,    S.,    2015.    Hubungan    Filogenetik Hylarana mocquardii (Anura : Ranidae) di Sulawesi Berdasarkan Pengukuran Morfologi dan Molekuler Gen 12S rRNA dan  16S  rRNA.  Tesis.  Institut  Pertanian Bogor. 8-9. Stuart, B. L., R. F. Inger., H. K. Voris. 2006. High Levels of Cryptic Species Diversity Revealed by Sympatric Lineages of Southeast Asian Forest Frogs. Biology Letters London 2: 470–474.   Sulandari, S., M. S. A. Zein. 2003. Panduan Praktis Laboratorium DNA. Bidang Zoologi,   Pusat   Penelitian  Biologi-LIPI. 43-97. Tjandra, L. 2011. Analisis Filogenetik Bufo melanostictus, Schneider, 1799 dan Bufo asper,   Gravenhorst,   1829   (Bufonidae) Sumatera Barat dan Kawasan Asia dengan Gen 16S   rRNA dan Sitokrom b. Tesis. UNAND. Padang.  2-16. Tjong, D.H., D.T. Iskandar., D. Gusman. 2010. Hubungan           Filogenetik           Spesies Limnonectes (Ranidae: Amphibia) Asal Sumatera Barat dan Asal Asia Tenggara Berdasarkan Gen 16S ribosomal RNA. Makara Sains 14(1): 79-87. Toha, A. H. A. 2014. Biota Kriptik Raja Ampat. Buletin   Konservasi   Biodiversitas   Raja Ampat 7(3): 6. Triana, S.H. 2010. Analisis Fragmen DNA Ikan Kerapu  Macan  (Epinephelus fuscoguttatus) yang Tahan dan Rentan terhadap Bakteri Vibrio alginolyticus. Jurnal Ilmu Dasar 11(1): 8-16. Van Dijk, P.P., D.T. Iskandar,. R.F. Inger., M.D. Kusrini.   2004.   Chalcorana   chalconota. The IUCN Red List of Threatened Species 2016: e.T58568A89366516.http://www.iucnredli st.org/details/58568/0.      Diakses      pada tanggal 13 November 2016 pk 10:12 WIB. Xia  Y,  Gu HF,  Peng R, Chen  Q,  Zheng YC, Murphy RW, & Zeng XM. 2011. COI is better than 16S rRNA for DNA barcoding Asiatic salamanders (Amphibia: Caudata: Hynobiidae). Molecular Ecology Resourches 12:48-56.
URL	: